明清時期，隨著民族英雄鄭成功將臺灣收回祖國的懷抱、大陸移民紛紛赴臺拓墾和統治階級對臺灣的加強管理，儒學也隨之進入了臺灣，并對臺灣的社會及文化教育產生了重大的影響。  

　　
        有“全臺首學”之稱的臺南孔廟落成于明永歷二十年（１６６６年），是全臺灣建成的第一座孔廟，也是鄭成功收復臺灣后在臺灣建立的第一所高等學府，因為在此之前，臺灣沒有任何比較正規的中國文化教育設施（比如私塾、學校之類的），因此，臺南孔廟的建立標志著儒學正式進入了臺灣，成為臺灣教育發展史上的一個重要里程碑。它掀開了臺灣教育史的嶄新的一頁，中華傳統文化及教育由此在臺灣島上傳播開來。

　　
        孔廟內設立“太學”，時任監軍御史陳永華被嗣王鄭經任命為“學院”，也就是太學的主持。由此在臺灣島上，開始建起了較為完整的教育體系：最高為太學，相當于高等教育；府設府學，州設州學，為中等教育；鄉設鄉學，即鄉塾，為初等教育。所學內容，以講授三字經、千字文和儒家經典為主。那時規定：“凡民八歲入學，課以經史文章”。接著，在臺灣也開始實行了科舉制度：每三年州試一次，州試入選者又經府試、院試，取進者入太學；最后每三年一大試，成績佳者即可入朝為官。

　　自此以后，臺灣的文風初開，古老的中國傳統文化開始播撒在臺灣的土地上，并逐漸綻放出美麗的光彩。隨著清朝政府對臺灣的加強管理，歷任的巡臺長官都親自兼任臺灣的學政（教育長官），凡設立的府縣均設立府縣儒學。因儒學是地方政府的官辦學校，大多設于各府縣的文廟（即孔廟）內，所以孔廟就成為儒教的主要活動場所。在臺灣的孔廟中，最著名的就是臺南孔廟和臺北孔廟。

　　臺南孔廟恢弘莊嚴，大成殿是全廟的建筑中心，大殿內主祀孔子的靈牌，正上方懸有數塊橫匾，多為歷代皇帝所題。與一般的神廟不同，孔廟的大成殿內只有神位，沒有神像，更沒有香煙繚繞，酒肉陳雜的現象，充分體現孔子作為至圣先師的特點。后殿為崇圣殿，祀孔子五代神位，整個孔廟的建筑風格和配置，與內地的孔廟別無二致。每年９月２８日孔子誕辰日，臺南市政府都在孔廟內舉辦盛大的祭奠，前來參典的官員、商賈、市民等近萬人，祭奠之盛不遜于臺北孔廟。

　　臺北孔廟又稱“文廟”，始建于明末永歷十九年（清康熙四年，１６６５年），為鄭成功參軍陳永華倡建。后遭遇日本侵略者毀滅性的破壞。１９２５年，臺灣人民決定重建孔廟，歷經艱辛，終于在１９３９年竣工，又經修繕擴充，孔廟已恢復昔日巍峨崇宏的面貌，被譽為“正統南中國式的孔廟”。因此，臺北孔廟又是臺灣人民反抗外來文化侵略，堅持民族文化傳統的見證。每年９月２８日在此舉行祭孔大典。祭禮由臺北市政府主持，儀禮悉依古制，參祭者要穿古服，獻犧牲，舞八佾，奏大雅之樂；整個祭奠肅穆、莊嚴、隆重。

　　在孔廟的屋脊上，通常都有一對以上的竹形圓筒。竹筒代表著儒家士大夫的氣節，所以孔廟中竹筒是不可缺少的。與一般宗教的寺廟不同，在歷史上，孔廟從來都是從事教育活動的場所。

　　除了臺南孔廟和臺北孔廟外，凡是清朝設有府治或縣治的地方，像臺中、新竹、彰化以及高雄、屏東、嘉義等地，都有孔廟。如彰化孔廟，始建于雍正四年（１７２６年），歷經擴建修葺，廟貌崇宏，可惜在二次世界大戰中被炸毀。臺灣人民于１９７２年在舊址上重新建起了一座規模更加宏大、廟貌更加莊嚴的孔廟。由此可以看到臺灣同胞對祖國傳統文化的重視和敬仰。